Sekretariat Direktorat Jenderal Perdagangan Dalam Negeri mempunyai tugas melaksanakan koordinasi pelaksanaan tugas dan pemberian pelayanan dukungan teknis dan administrasi kepada seluruh satuan organisasi di lingkungan Direktorat Jenderal Perdagangan Dalam Negeri.

Dalam melaksanakan tugas, Sekretariat Direktorat Jenderal Perdagangan Dalam Negeri menyelenggarakan fungsi: 

1. Koordinasi dan penyusunan rencana, program, anggaran di lingkungan Direktorat Jenderal Perdagangan Dalam Negeri
2. Koordinasi, pelaksanaan, dan pelaporan urusan keuangan di lingkungan Direktorat Jenderal Perdagangan Dalam Negeri.
3. Koordinasi dan pelaksanaan penelaahan hukum dan  penyusunan rancangan peraturan perundang-undangan.
4. Koordinasi dan pelaksanaan kerja sama, pelayanan informasi publik, serta pengelolaan data dan informasi di Direktorat Jenderal Perdagangan Dalam Negeri.
5. Koordinasi dan pelaksanaan urusan sumber daya manusia, organisasi dan tata laksana di Direktorat Jenderal Perdagangan Dalam Negeri.
6. Koordinasi dan pelaksanaan, pemantauan, analisis, evaluasi, dan pelaporan kinerja, serta fasilitasi reformasi birokrasi, kepatuhan internal, dan manajemen risiko di Direktorat Jenderal Perdagangan Dalam Negeri.
7. Koordinasi dan pelaksanaan pengelolaan perlengkapan dan rumah tangga serta barang milik/kekayaan negara di Direktorat Jenderal Perdagangan Dalam Negeri.
8. Koordinasi dan pelaksanaan tata usaha, tata persuratan, dan kearsipan di Direktorat Jenderal Perdagangan Dalam Negeri.